Para Manuel Belgrano, José de San Martín, Pueyrredón y otros, Güemes comenzó a presentarse como una figura clave y versátil, capaz de ser encomendado a distintas misiones y roles. Belgrano lo envió, en 1812, a Santiago del Estero; San Martín, en 1814, le asignó el mando de las milicias salteñas y campesinas, en las que ejerció gran desempeño y logró el merito necesario para luego ser nombrado Teniente Coronel de Ejército; en 1815, fue elegido por el Cabildo de Salta gobernador de esa provincia; por su parte, Pueyrredón le encomendó, en 1816, la defensa de las provincias y la seguridad del Ejercito Auxiliar del Alto Perú. En 1817, tras vencer a José de la Serna, Güemes fue ascendido a Coronel Mayor por designación, nuevamente, de Pueyrredón. En 1820, San Martín lo solicita como auxiliar para la campaña de liberación del Perú y en 1821 Güemes decidió delegar su poder en la gobernación y dedicarse exclusivamente a organizar la Expedición para liberar el Alto Perú y auxiliar a San Martín. Para esta misión solicitó, sin éxito, que le enviaran armamento, municiones, dinero, alimentos.
Ante la negativa de sus pedidos y en medio de una situación conflictiva y de desamparo de poder y recursos, Güemes es depuesto de sus funciones como gobernador de Salta. Sin embargo, en esta provincia es aclamado por el pueblo, quien le otorga el poder de encabezar las filas para enfrentarse a las invasiones realistas de ese momento.
El 7 de junio de 1821, Güemes resultó herido en una emboscada realizada por tropas españolas y con la cual éstos sitiaron la provincia de Salta. Días después, ya agonizando y acompañado por sus soldados fieles y compañeros de batalla en sus últimas horas, Martín de Güemes ordenó al coronel Jorge Enrique Vidt que lo reemplazara y siguiera la lucha contra los españoles.
El 17 de junio de 1821, muere luego de varios días de sufrimiento y agonía. Actualmente, sus restos yacen en el panteón de Las Glorias del Norte, en la Catedral de Salta.
Fuente: Martín Miguel de Güemes. Biografías y Vidas